Prvobitno je Arambašić pred Županijskim sudom u Splitu na 20-godišnju zatvorsku kaznu osuđen još 1997. godine u odsutnosti, a tu je presudu u žalbenom postupku potvrdio i Vrhovni sud Republike Hrvatske.
U rujnu 2002. godine Arambašić je otkriven i na temelju međunarodne tjeralice uhićen u Sioux Fallsu u američkoj saveznoj državi Južna Dakota.
Nakon uhićenja 2002. godine Arambašić je izručen Hrvatskoj i od tada se nalazi u pritvoru u Splitu pa će mu vrijeme provedeno u pritvoru, kako je obrazloženo, biti uračunato u izdržavanje kazne.
Arambašić je bio jedan od zapovjednika u srpskoj paravojsci Milana Martića. Optužnica ga je teretila da je sudjelovao u paljenju kuća te mučenju i ubijanju pripadnika hrvatskog MUP-a.