Kljajić je uhićen 30. travnja u 10,55 sati na graničnom prijelazu u Hrvatskoj Dubici, na ulazu u Republiku Hrvatsku iz Bosne i Hercegovine, na temelju tjeralice raspisane za njim i još 14 osoba osumnjičenih za ratni zločin počinjen u Baćinu kod Hrvatske Dubice, protiv kojih je Županijsko državno odvjetništvo u Sisku 14. prosinca 2006. podnijelo istražni zahtjev. Pritvoreni Slobodan Kljajić je invalid bez obje noge.
Županijsko državno odvjetništvo u Sisku tereti 15 osumnjičenih zapovjednika i pripadnika vojnih i policijskih postrojba tzv. SAO Krajine da su od 18. do 21. listopada 1991. zarobili 76 civila, žena i muškaraca, većinom starije životne dobi, uz oružanu pratnju ih autobusom odvezli na mjesto zvano Skelište kod sela Baćina gdje su ih sve hladnokrvno ubili automatskim vatrenim oružjem.
Iz masovne grobnice na tom mjestu 1997. ekshumirani su posmrtni ostaci 56 osoba, dok su ostali ubijeni hrvatski civili bili bačeni u Unu i tijela im nisu pronađena. Od 56 ubijenih 36 je identificirano, a 20 još nije.
Identificirani posmrtni ostaci žrtava iz masovne grobnice u Baćinu pokopani su u zajedničku grobnicu na groblju u H. Dubici 10. svibnja 1997. godine.