Merčep je u pritvoru već pola godine, a izvanraspravno vijeće zagrebačkoga Županijskog suda odlučilo ga je i dalje zadržati zbog posebno teških okolnosti u kojima je djelo počinjeno. No zbog teškog zdravstvenog stanja, 59-godišnji Merčep nije u zatvoru u Remetincu, nego u toplicama. Optužnica za zločine nad civilima sa zagrebačkoga, pakračkoga i kutinskoga područja podignuta je nakon šestomjesečne sudske istrage.
Merčepa se tereti da je pripadnicima postrojbe pričuvnog sastava MUP-a kojom je zapovijedao, u javnosti poznatima kao 'merčepovci', osobno naređivao nezakonita uhićenja, mučenja i ubojstva civila te da je znao da njegovi podređeni to čine, ali nije ništa učinio da to spriječi. Po optužnici, 'merčepovci su od 8. listopada do sredine prosinca 1991. nezakonito uhitili 52 osobe, od kojih su 43 ubili, tri se vode kao nestale, a šest ih je preživjelo mučenja i zlostavljanja na Pakračkoj poljani i u paviljonu na Zagrebačkom velesajmu.
Među žrtvama i 12-godišnja Aleksandra Zec
Među žrtvama su i tri člana obitelji Zec - Mihajlo, Marija i njihova 12-godišnja kći Aleksandra, koji su ubijeni u noći sa 7. na 8. prosinca 1991. Iako su pred istražnim sucem petorica 'merčepovaca' priznali zločin i protiv njih je podignuta optužnica, zbog proceduralne pogreške - ispitivanja bez branitelja, nikada nisu kazneno odgovarali za taj zločin.
U istrazi proteklih šest mjeseci utvrđeno je da je obitelj Zec ubijena automatskim puškama koje je zadužila Merčepova postrojba te da su Marija i Aleksandra do stratišta kod planinarskog doma "Adolfovac" na Sljemenu prevezene automobilom kojim se koristila MUP-ova pričuvna postrojba. Onamo su dovedene vezane i prikrivenih očiju i usta, a nakon ubojstva tijela su im prekrivena zemljom i smećem.
Merčepu se na teret stavlja da je osobno bio u Pakračkoj poljani kada je onamo dovedeno i mučeno barem osam civila, od kojih su trojica ubijena, a dvojica nestala.
Po optužnici, osobno je sudjelovao i u ispitivanju Đorđa Gunjevića, tadašnjega vladina povjerenika za Pakrac kojega su šest dana držali u zatočeništvu, mučili elektrošokovima, tukli, prisiljavali da pozdravlja uzvikom "Za dom spremni" te mu oduzeli 20.000 njemačkih maraka i 100 tisuća dinara. Nakon svega, Merčep ga je pustio uz objašnjenje da se radilo o pogrešci.
Zainteresirano i haško tužiteljstvo
Bivši pomoćnik ministra unutarnjih poslova po zapovjednoj je odgovornosti optužen i za zločine u Pakračkoj poljani za koje se već sudilo pripadnicima njegove postrojbe te za smrt 27 neidentificiranih osoba pogubljenih i pokopanih u grobištima na Velikom jarku, Malom gaju, Bujevici i južno od mjesta gdje su pripadnici pričuvnog sastava MUP-a bili smješteni u Pakračkoj poljani.
Osim za povezanost sa spomenutim zločinima, Merčepovo ime povezivalo se i sa zločinima nad Srbima u Vukovaru, gdje je bio sekretar za narodnu obranu. Merčepa se tereti po starom zakonu (Osnovni krivični zakon RH) kojim je za ratni zločin protiv civila bila predviđena zatvorska kazna od pet do 20 godina. On od početka tvrdi kako nije kriv. Za Merčepovu ulogu u ratu bilo je zainteresirano i haaško tužiteljstvo, koje je u veljači 2006. DORH-u dostavilo materijale vezane uz ratne zločine počinjene u istočnoj Slavoniji i u Pakračkoj poljani.
'To su takve gluposti da ja nemam zašto reagirati. To je sve 'ki bi da bi', što bi rekao Tuđman (Franjo)', komentirao je tada Merčep. Njime se bavila i američka Središnja obavještajna agencija (CIA), koja je krajem 2006. na internetskoj stranici učinila dostupnim izvješće iz listopada 1995. o njegovoj ulozi u zločinima nad Srbima na Pakračkoj poljani te u Gospiću, Vukovaru i Zagrebu.
U dokumentu na deset stranica Merčepa se predstavlja kao 'hrvatskog parlamentarca i bivšega paravojnog zapovjednika za kojeg se rašireno vjerovalo, čak i u krugovima hrvatske vlade, da je izravno odgovoran za teška kršenja ljudskih prava i druga nezakonita djela tijekom 1991. godine'. Merčepa je u svojem izvješću spomenula i međunarodna nevladina organizacija za promicanje i zaštitu ljudskih prava Amnesty International (AI) u vezi sa zapovjednom odgovornosti za više zločina koji se ne navode poimence. Merčep je 2000. na predsjedničkim izborima bio jedan od devetorice kandidata. (HIna)