Sudsko vijeće pod predsjedanjem sutkinje Đurđe Jovanić u presudi je ocijenilo da su iskazi svjedoka bili proturječni te da se na temelju njih ne može utvrditi da je Zaputović primio mito.
Ured za suzbijanje korupcije i organiziranoga kriminala teretio je Luku Zaputovića da je kao zamjenik predstojnika Klinike za internu medicinu Kliničkoga bolničkog centra u Rijeci od supruge jednog pacijenta u studenome 2005. primio 150 eura za primanje na odjel.
Kazneni postupak protiv Luke Zaputovića pokrenut je u veljači 2007., za vrijeme istrage o primanju mita riječkoga kardiokirurga Ognjena Šimića. Odlukom Izvanraspravnoga vijeća Županijskoga suda u Rijeci u studenom te godine nepravomoćno je prekinut kazneni postupak protiv Zaputovića na temelju njegovih prigovora i prigovora njegovih branitelja. Oni su tvrdili da je optužnica neosnovana, no Vrhovni je sud ukinuo tu odluku na temelju žalbe USKOK-a te je naredio da se pokrene glavna rasprava.