Šimić je tijekom pet i pol sati iznošenja obrane rekao da ne postoji niti jedan materijalni dokaz da je primao mito, da on nije priznao ono za što ga se tereti, te smatra da bi trebao biti oslobođen jer optužnica nije dokazana. Rekao je da nikada nije primio dar, ni novac, jer se njega, kako je naveo, "ne može nikako podmititi".
Izjavio je da je USKOK nagovarao svjedoke da protiv njega svjedoče, pritiskao ih na razne načine, ucjenjivao i prijetio im. Ujedno je USKOK pomoću medija činio, kako je rekao, "enormni pritisak" prejudicirajući mu krivnju i upućujući buduće svjedoke što trebaju iznijeti u svom svjedočenju.
USKOK to čini, ustvrdio je Šimić, jer je bilo potrebno pokazati rezultate u borbi protiv korupcije u zemlji u sklopu pridruživanja EU. Tražila se pogodna žrtva, naveo je, a uvjeti su bili da nije član ni jedne važne političke stranke, da nije bio u Domovinskom ratu kako se ne bi bunile udruge te da je iz krajeva gdje vladajući u državi nisu na lokalnoj vlasti. Šimić je zaključio da je on odabran kao idealna žrtva.
Pripremu akcije njegova uhićenja obavio je Željko Fučkar, tadašnji predstojnik Klinike za kirurgiju riječkog KBC-a, naveo je Šimić. Fučkara je optužio u nastavku iznošenja obrane za namjeru ukidanja riječke kardiokirurgije, a potom i za iskorištavanje policije i svjedoka u ovom postupku kako bi ostvario svoj cilj, a to je, po Šimiću, njegovo (Šimićevo) istjerivanje iz riječkoga KBC-a, a možda i iz Hrvatske.
Svjedokinju Ljerku Krajnović, koja je prva prijavila Šimića za namjeru uzimanja mita, iskoristio je USKOK kako bi Šimiću podmetnula novac u omotnici na stol. Sve ostale svjedoke, koji su tijekom suđenja potvrdili da su dali novac Šimiću za skraćenje roka čekanja na operaciju, Šimić je optužio da su govorili pod utjecajem medija i uz prijetnje i nagovaranje USKOK-a. Optužio je USKOK za nezakonito postupanje rekavši da bi njegov zadatak trebalo biti suzbijanje kriminala, a ne njegovo poticanje. Ocijenio je da bi zbog toga ravnatelj USKOK-a Dinko Cvitan i njegova zamjenica Sajonara Čulina, koja je zastupala tužiteljstvo u ovom predmetu, trebali dati ostavke.
Opovrgnuo je optužbu o "pranju novca" stečenog uzimanjem mita, kao dijelu optužnice, rekavši da je u Njemačkoj, gdje je radio prije Hrvatske, zaradio milijun tadašnjih njemačkih maraka u pet godina te u idućih devet godina u Hrvatskoj još milijun i pol kuna. Dobivao je i novčane darove od drugih članova svoje obitelji te ih, kako je naveo, ulagao u nekretnine. Novac, koji je pronađen prilikom pretrage njegova ureda nakon uhićenja, obiteljska je ušteđevina, novac numizmatičke vrijednosti i ostatak novca od službenih putovanja, rekao je.
Šimića se tereti da je u 18 slučajeva primio mito od ukupno 210.000 kuna, u razdoblju od 1998. do 2006. kao tadašnji pročelnik Odjela za kardijalnu kirurgiju riječkog KBC-a, te za prikrivanje na taj način nezakonito stečenog novca kupovanjem nekretnina, automobila i polaganjem novca na bankovne račune.