Od samog ulaska u Bijelu kuću prate ga brojne kontroverze. Već u prvoj godini mandata dogodio se 11. rujan 2001., događaj koji je obilježio njegovo predsjedanje. I danas se vode rasprave o propustima Busheve administracije i obavještajnih službi kojima se možda moglo spriječiti tragediju i smrt gotovo tri tisuće ljudi. Napadi na New York i Washington izazvali su Bushevu reakciju rat protiv terorizma.
Prvi je na meti bio Afganistan i tamošnji talibanski režim zbog pružanja utočišta Osami bin Ladenu i al-Qaidi. No ni nakon šet i pol godina, Bin Laden još nije pronađen. Jednako kao i iračko oružje za masovno uništavanje - opravdanje za napad na tu zemlju.
Kratkotrajni rat u međuvremenu se pretvorio u sukob kojem se ne nazire kraj. Tu je akciju Bush platio s više od četiri tisuće poginulih američkih vojnika, stotinama milijardi dolara, drastičnim padom popularnosti kod kuće i narušenim američkim ugledom u svijetu.
Pravdajući se ratom protiv terorizma i zaštitom Amerikanaca, Bush je u SAD-u uveo Zakon o domovinskoj sigurnosti. Tajne službe dobile su ovlasti prisluškivati i pratiti američke državljane čak i bez sudskog naloga.
Oštre reakcije organizacija za zaštitu ljudskih prava izazvalo je i okrutno postupanje sa zatvorenicima, posebno u Guantanamu, otmice, ilegalan transport i mučenja osumnjičenih za terorizam.
